La SOPADI comprend 5 organes:
L’Assemblée Générale qui est l’organe suprême prenant toutes les décisions importantes qui engagent l’organisation ;
Le Comité Exécutif qui dirige l’organisation avec à la tête Madame NIRAGIRA Réginecomme Présidente et Représentante Légale ;
Le Conseil d’Administration qui appui et coordonne l’exécution des activités de l’organisation et est dirigée par Madame AHISHAKIYE Fébronie ;
Le Comité de Suivi dirigé par Mr NDIKUMANA Oswald, qui fait des contrôles régulièrement sur la gestion des fonds, du personnel et des biens logistiques, il rend compte à l’Assemblée Générale.
Le Comité de direction qui s’occupe de la coordination des activités au Burundi et en République Centrafricaine, il est dirigé par Mr BIZINDAVYI Pascal.